澳大利亚牧牛犬有两种公认的皮毛颜色，赤色和蓝色。巧克力和奶油被认为是不合格的。蓝色的狗可以是蓝色，蓝色斑纹或者有棕黄色的腿部和胸部的蓝色斑点，头部一侧或两侧有白色花斑和黑色斑块或脸。有时在身体上也会出现黑色斑块。赤色的狗均匀地散布着上纯赤色的斑块·，类似于蓝色的狗，在头的一侧或两侧有棕色（赤色）斑块“脸”，有时也在身体上。

赤色和蓝色的狗出生时都是白色的（除了身体或面部的任何纯色的花斑），随着它们的生长发育，赤色或黑色的毛发从大约在4周左右开始出现。独特的成年色彩是由于黑色或赤色的毛发紧密地散布在以白色为主的皮毛中而形成的。这不是山鸟色(一种与健康问题相关的斑点效应)，而是记印基因造成的结果。许多品种表现出记印，这是通过白色区域呈现的颜色，尽管整体效果取决于其他基因，但这些基因将改变记印的大小、形状和密度。

除了主要颜色外，澳大利亚牧牛犬还显示出一些纯色或接近纯色的斑块。无论赤色和蓝色的狗中，最常见的是一只或两只眼睛上的脸，尾巴上的白色尖端，尾巴底部的纯色斑点以及有时在身体上的纯色斑点，尽管这些在为了结构展示而繁殖的狗是不可取的。蓝的狗的腿中部是棕黄色的，延伸到和前胸和咽喉，下颌是棕黄色，和棕黄色的眉毛。这两种颜色的狗的前额上都可以有一颗白色的“星星”，叫做“宾利标志”，以汤姆·宾利拥有的一只传奇狗的名字命名。澳大利亚牧牛犬常见的错误颜色是在赤色皮毛的狗上的黑色毛发，包括赤色的狗身上极端化的黑色马鞍花，以及蓝色的狗脸上和身体上大面积的棕黄色，被称为“爬行的棕黄色”。澳大利亚的牧牛犬有双层皮毛ーー短而直的外层防护毛自然具有保护作用，在内层绒毛短而细密的时候，保护狗的皮肤不受外界因素的影响。