龟大致在主龙样类到原鳄龙类之间，所以可能属于主龙样类，也可能属于主龙形类。
根据Wang Zhuo和Crawford等人的系统树来看龟鳖目和主龙类是姐妹群的关系，包含这两者的演化支被Crawford等人命名为主龟龙类，作为演化支“A”（日本译为主龙样类，华语不严谨的译为主龙形下纲）的一个异名。Crawford等人认为龟鳖目可能是主龙样类基群一个演化支的后代。 而Wang Zhuo等人通过测定、分析绿海龟和中华鳖的基因组，测定出龟鳖目直系祖先与主龙类直系祖先分离的时间大致是在二叠纪沃德期到奥伦尼克期（约2.49亿年）。
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